由于大棚为密闭环境，棚内施用的未腐熟的厩肥会产生氨和亚硝酸气体为害作物，同时棚内二氧化碳浓度相对较低，影响作物的光合作用。因此，大棚的通风管理既可排除有害气体，又可增加二氧化碳浓度，还能降低棚内的空气相对湿度。通风应掌握由小到大，时间由短到长及看天气看作物通风的原则。如温度低时，通风口宜小，背风，时间要短一些。如苗或作物大时，通风可适当加大和增加时间；如果春天温度回升，作物长成，可看情况晚上也保留一些通风口。在严寒季节，秧苗又比较小，通风时要注意保温。可以先开大棚门，让大棚内的废气及湿度降下来，然后关上大棚门，进行小棚通风，这样可避免通风给秧苗造成的伤害。
