草菇菌种的优劣鉴别有以下两个方面。

看：一看菌丝的色泽是否纯正，菌丝发黄、变色、吐黄水、袋壁皱缩、有原基扭结等，都表明菌种有不同程度的老化；二看疏密是否均匀，如菌丝生长稀疏或过于浓密，菌种培养基结成团块等现象，不宜用于栽培；三看是否污染，棉塞或者盖子与培养基菌体中是否有杂色斑块或拮抗线。

闻：随机在该批次的草菇菌种中抽取几袋，打开棉塞或者盖子，闻菌丝的味道，纯草菇菌种应有该菌类特有的菌丝香味，如有酸、臭、氨、酒等不纯正的味道，可怀疑有杂菌污染。