所谓菌种脱毒应该指的是脱病毒。目前所宣传的食用菌脱毒菌株是利用尖端分离技术，即把菌丝生长的最末梢组织进行分离，从而达到“脱离”病毒的目的。其依据是末梢组织是新生组织，该组织与生物体自身携带的病毒之间的距离较大，把这段新生组织分离出来后，理论上讲应该不带或少带病毒了，故脱毒效果较为理想。

其方法是采用不同基质，如液体基质——秸秆基质——液体基质——秸秆基质的多次反复，温度差的多次反复，以造成对病毒不利的环境，而对食用菌菌丝相对的生长优势，经多次尖端分离技术实现脱毒目的。

据资料介绍，脱毒后的菌种可恢复原有生物学特性，增强抗性，减轻病害，提高产量和品质。但是，也有人认为对食用菌病毒的研究尚处于初步阶段，对带毒菌丝和脱毒菌种的检测手段尚有一定难度的情况下，要解决食用菌的脱毒也有相当难度。所以，市场上广告宣传的脱毒菌种只能供参考，主要还是要看菌种的生产能力。