一般微生物的营养体在50～70℃，数小时就被杀死，如褐色石膏霉、疣孢霉、核桃肉状菌的营养体在60℃、2小时内可被杀死；食用菌的主要害虫菇蝇、线虫、螨虫、瘿蚊等在55℃、5小时内也会被杀死。但要杀死微生物的孢子、芽孢却不易，因为孢子能耐80℃高温，芽孢则能耐100℃以上高温，故一般方法很难彻底杀灭。

利用间隙灭菌技术就可在常压条件下，利用简单的设备，达到杀灭所有微生物的目的。因为一些微生物的孢子、芽孢在温度和湿度等环境条件适宜时，能很快形成芽管、萌发菌丝。通常6小时有70.2％的孢子形成芽管；8小时有97％的孢子形成芽管、萌发菌丝。间隙灭菌就是利用孢子、芽孢在适宜的环境下很快萌发的这个特性，只需在常压下反复几次，就能将其全部杀死。间隙灭菌的具体做法：利用农村普通的蒸锅、蒸笼，普通炉灶加温，将需灭菌的培养基等放进蒸锅内，加温到100℃，维持1小时，这时蒸锅内的害虫和微生物的营养体已被杀死，但孢子和芽孢仍能存活。取出培养基，在30℃左右培养24小时，此时孢子和芽孢开始萌发，再在100℃下蒸1小时，将残余孢子和芽孢杀死；培养基再在30℃培养24小时……如此重复3次，就能彻底消灭全部微生物。

间隙灭菌方法简单，又能避免高温对培养基的破坏。此法花费时间长，要求无菌操作，对操作技术有一定要求。