香菇收了一茬以后，而且产量很高，这时候袋内菌丝的活力会明显衰退，料内的酸度会上升，如果遇到菇房通风较差，温度和湿度较高，一些杂菌就会乘虚而入，在香菇菌丝和杂菌正面竞争结果，强者胜，所以会出现大面积绿霉菌污染现象，菌丝会被绿霉分泌的酶或者毒素吞食或消灭掉。

老菇房在一般情况下，每年杂菌发生机会增加程度加重，最后不得不搬新址。如果菇房内外环境管理严格一些，夏天烈日下打开菇棚暴晒，杂菌污染会减轻一点，一般老菇房5年左右更换新址。

新菇房应选择环境无污染的（离垃圾堆、畜牧场和污水河远一些）。已经污染的菌棒应该毁掉（烧毁或者深埋）。