目前为止，防治甜瓜病毒病没有特效药，生产上主要通过培育抗病品种、种子消毒处理、加强栽培管理以及病虫害防治等途径来达到病毒病预防的目的。

对于已经生长在田间的甜瓜植株，通过加强田间害虫（主要是蚜虫）的防治，减少田间害虫的数量，切断病害的传播途径，从而达到预防病毒病发生的目的。日常生产中要加强检查，一旦发现蚜虫株时需立即进行防治，也可田间悬挂黄色粘虫板以达到诱蚜和粘杀的目的。

另外，对于已经发生病毒病的植株，生产中农事操作时要注意做好操作工具的消毒工作，防止病毒通过生产操作在田间进行传播。田间病毒病植株数量较少时也可将病株连根拔除带出田外。