银杏茎腐病较为普遍，多出现在一二年生的银杏实生苗，尤以一年生苗严重，常造成幼苗大量死亡，该病的病原菌为炭霉病菌，喜高温。苗木染菌后，幼苗基部变成褐色，叶片失去正常绿色，并稍下垂，但不脱落，随后，感病区迅速向上扩展，最后全株枯死，根皮皮层腐烂，用手拔苗只能拔出木质部。该病常于高温季节发生，苗木受害主要原因是地表温度过高，苗木根基部受高温灼伤后，病菌乘虚而入。该病一旦发生，比较难以防治，所以应该以预防为主，主要措施如下。

（1）适时早播，使得幼苗于高温季节前尽量长壮实，以提高抗病能力。

（2）合理密播，有试验表明，树苗密度较大时发病率较低，一般每亩播80～100千克种子，可明显降低发病率。

（3）防止树苗受伤，病菌一开始往往先从伤口入侵，因此，要防治地下害虫，避免害虫咬伤后致病。松土中耕时，小心操作，防止损伤苗木。

（4）高温季节搭棚降温，或间种玉米、毛豆等作物降低地表温度；有条件的进行喷水降温。

（5）药剂防治，高温季节，每隔10～15天喷1次甲基托布津或多菌灵药剂。