土传病害是保护地黄瓜生产的主要障碍。所谓土传病害是指由生活在土壤中的病原体从根部或茎部侵害作物而引起的病害。常见的黄瓜土传病害主要有枯萎病（也叫蔓割病）、蔓枯病、疫病、菌核病等，大部分是由土壤或土壤中的植物病残体传播引发。

预防黄瓜土传病害的主要方法是轮作，其次为土壤消毒。①利用夏季保护休闲之机，将土壤翻耕并灌水，用透明塑料膜严密覆盖，暴晒，使土壤温度达到50℃以上并维持5天以上，然后揭膜通风使用。该方法最为经济有效。②将蒸汽通入埋在土壤中的管中使得30厘米深的土温保持在82℃，处理30分钟，处理时土表要覆盖严密，四周压实，防止蒸汽跑掉。③药土消毒法，用敌克松、50％多菌灵配成药土耙入土内，每亩用药2千克，加细土拌匀。另外，石灰消毒法，即酸性土壤结合深耕冻垄、晒垄，每亩撒施石灰50～100千克。