不能用石灰代替石膏。这是因为石膏又称硫酸钙，其中钙离子含量为17％，可为菇类菌丝生长提供钙素营养，它能加速培养料中的有机质分解，促使培养料中的可溶性磷、钾迅速释放，使气态氮固定为化合态氮，并能减少培养料中的氮素损失，有利于菌丝的吸收利用，从而提高食用菌的产量。

石膏为弱酸性，对培养料的酸碱度有缓冲作用。石膏还能改善培养料的蓄水性和通气性能。而石灰粉（生石灰），又叫氧化钙，遇水分解后为氢氧化钙，属强碱性，主要能中和培养料中的有机酸，并有杀菌和抑菌作用。在平菇、金针菇等食用菌的培养料中加入是适宜的，但在香菇、猴头菇等的培养料中加入石灰，对菌丝生长有抑制作用。如果没有石膏，可以用碳酸钙来代替，它与石膏有相似的作用，且在与有机质分解的过程中，其碳酸根会释放出二氧化碳而挥发，用其产出的食用菇类更安全。