由于棉籽壳中含有毒物质，经高压或常压灭菌后，易释放出醛、酮、羧、酸之类的毒物，会抑制菌丝生长、推迟现蕾，造成菇型小、菇质差等不良后果。特别是棉籽壳内的棉仁含量过高，会严重影响发菌。因为棉仁中含有的棉酚含量超过3％时会抑制菌丝生长，达到5％时菌丝会停止生长。平菇菌丝生长受抑，迟迟不出菇，可能就是棉籽壳中棉仁含量过高的缘故。
因此，用棉籽壳栽培食用菌时，棉仁的含量不能过多，棉籽绒不宜过长，过多的碎棉籽仁应过筛后使用，而且棉籽壳要新鲜，色泽以灰白或雪白为好。而且，棉籽壳要在烈日下暴晒1～2天，喷洒敌敌畏，闷堆1～2天后再使用。如果用棉籽壳生料栽培平菇，需事先发酵，使料堆温度达65℃以上，发酵4～5天，不仅可杀死料内病菌、虫卵，还可分解释放游离酚。
