棉籽壳可以种双孢蘑菇，但由于双孢蘑菇是草腐菌，以吸收纤维素为主要营养源，稻草和麦草都是提供纤维素营养为主的好原料；棉籽壳是以提供木质素为主的营养源，适合木腐菌生长，蘑菇不能全部利用棉籽壳的营养，所以损失较大，除了新疆以外，很少有人用棉籽壳种蘑菇，所以这方面的资料较少。