不能直接用棉籽种植金针菇。因为棉籽包含两部分内容，外层是棉籽壳（包括残留的短绒），内层是棉仁，一般种植金针菇用的是棉籽壳。

棉籽壳又叫棉籽皮，是棉籽脱壳取仁后的副产品。据分析，棉籽壳含氮1.5％、磷0.66％、钾1.2％、多聚戊糖22％～25％、纤维素37％～48％、木质素29％～42％、碳氮比为（79～85）∶1。棉籽壳偏碱性，通透性好，蓄水性较强，广泛用于食用菌的栽培。但棉籽壳经高压灭菌后易释放出醛、酮、羧酸类的有毒物。除草菇和平菇栽培外，其他各类食用菌不可全用棉籽壳栽培，只能部分添加。一般加入1％～2％或1％～4％不等。在金针菇、黑木耳培养料中一般添加1％～2％，香菇料中加1％～5％。金针菇培养料中加棉籽壳过多，如果棉酚含量达3％时，就会抑制菌丝生长，推迟现蕾，菇质软，菇味变苦，菇型小。如果棉酚达到5％时，就会使菌丝停止生长。

所以在利用棉籽壳做培养料时，应该注意壳上的绒不宜过长或太多，要有一定数量的短绒，棉籽壳色泽应灰白或雪白，棉籽壳内不能含有超量的棉籽仁。棉籽壳储存过程要防潮、防霉、防结块、防生虫。