棉花秸秆可以用来栽培香菇。但纯棉花秸秆栽培香菇的产量不如纯木屑的高，只有用棉秆粉与木屑（1∶1）混合栽培香菇，产量和生物效率均比纯木屑栽培的高，且产量集中，栽培方法和管理措施与常规生产相同。

但是由于棉花栽培中常使用农药，有些农药的降解缓慢，即使用棉秆、木屑混合栽培香菇，仍有农药残留，子实体中也有农药痕量，有违于健康食品香菇的称号，因为棉秆的农药残留量与使用农药的种类和数量有关。目前，我国已有70％的棉田采用转基因品种，这种棉田很少使用杀虫剂，因此我们在应用棉花秸秆作培养料时，应该注意当地棉花的用药情况。