黑木耳是好氧、喜湿、耐寒性菌类，开穴后相对湿度保持在90％以上，经15天左右大量耳芽形成。耳芽形成后加大通风量，每天3～4次，每次1小时。在保证相对湿度90％以上的条件下，可全天通风。通风结合喷水，通风不良及淋水不均匀会不展片，形成鸡爪菌而失去商品价值。阴雨天可掀开薄膜淋雨，在适宜温度下可连续淋雨水，耳片会快速生长，开片好。碰上10℃以下天气要盖膜保湿保温，高温高湿易引起流耳，因此日平均温度超过21℃要加强通风，早晚喷少量水。

如冬季温度太低，可适当加温，但加强通风，可在棚内装简易的通风设施，可购买灶用鼓风机，装上塑料筒子，筒子上扎小洞，鼓风机可装夹板，把外夹板抽掉，进行外循环，也可把内夹板抽掉，进行内循环，但必须随时留意棚内的温度、空气湿度和通风量，还可在棚门边挂喷湿无纺布，保持棚内空气湿度。