通过把液体培养剂装入摇床的瓶，或通氧的瓶罐，或发酵罐中，接入菌种扩繁的方法称液体菌种生产，也称深层发酵技术。该技术早在20世纪70年代就有研究和应用的报道，但至今成规模发展应用的很少。与固体菌种生产相比，液体菌种生产主要优点是劳动力和厂房的需求少、产品均匀、易于控制且生产效率高的优点，由于液体菌种生产具有菌丝发育点多，蔓延迅速、菌龄整齐，在一定的条件下可以明显缩短菌种繁殖和生产周期。但目前液体菌种生产在实际应用中也有一些限制因素和尚待解决的问题。主要有以下几类情况。

（1）生产操作技术要求高。液体菌种生产环境控温和无菌条件要求严格，操作技术要求更高。在不同品种和不同菌丝生长时期，其养分的配置、微量元素和生长因子的添加、通氧量、摇床震动频率、溶液黏稠度、培养温度、酸碱度、离子浓度等是不同的，如果环境条件差、操作不当，就会发生严重污染。其污染发生时，不同于固体菌种生产污染发生在个别瓶或袋，而液体菌种则是整批发生，损失较大。

（2）会出现“去双核化”现象。液体菌种培养过程中有时因某种生长因子的缺失或培养条件未满足，会出现“去双核化”现象，即使双核菌丝体变成单核菌丝体，从而给进一步扩大菌种培养和栽培生产带来一定的风险。

（3）液体菌种不易贮存、不利运输，必须就地及时使用。

（4）液体菌种生产需要较昂贵的设备、能耗较大。如果不是周年生产的，设备利用率不高。

所以，在液体菌种生产“去双核化”现象、不易贮运、不耐贮藏、易感染杂菌等问题没有得到根本解决之前，一些生产规模不大、设施条件一般、技术人员文化层次不高、不是周年生产的农户或生产基地，不适宜搞液体菌种生产。