紫外线是一种波长136～400纳米的光波，其中200～300纳米的波长具有杀菌作用，尤以265～266纳米波长的杀菌效力最强。其灭菌原理是，当紫外线照射到微生物时，使细胞中的核酸产生突变，DNA遭到破坏而死亡；与此同时，空气中的一部分氧气在紫外线照射下产生臭氧，具有强烈的氧化作用，也可起到杀菌作用。

紫外线与微生物直接接触的杀死效果很好，但紫外线的穿透性很差，一张纸片就能使紫外线的透过率降低60％～80％。因此，紫外线不能透过固体，透过玻璃和水的能力也很弱，所以，紫外线只能用于空气和物体表面的灭菌，实际操作时，不能忽略其他消毒方法的综合应用。同时，紫外灯管表面的灰尘、油渍都会影响其穿透力，所以紫外灯管要用75％的酒精擦洗。

紫外线杀菌的距离在1.5～2米范围内都有效，但以1.2米距离内的效果最好。接种箱、接种室或工作室在使用前20～30分钟打开紫外灯，就能杀死空气中的大部分细菌和真菌。紫外线对人体有杀伤力，对眼睛的杀伤性尤为明显。所以，紫外线不能直接与人体接触。

太阳光中也有紫外线的波长，但是，由于通过大气层的散射和吸收，到达地面时只有39％，利用阳光紫外线也可对食用菌的培养料、工具、塑料棚架等进行消毒。