液体发酵的泡沫是最大障碍，它不仅造成大量跑液，浪费原料，还增加污染机会，所以控制液体发酵过程出现泡沫。

控制泡沫出现有机械控制和加消泡剂两种、机械消泡是搅拌器，但效果不良，目前生产中一般都用消泡剂消泡。

此外，减少通气量、停止搅拌、改变培养基成分等也可减少泡沫的发生。