在理论上，微波炉有杀菌作用（加热、干燥作用早已肯定），但是用微波炉灭菌，在食用菌生产中尚未见正式应用。

虽然有零星试验表明微波炉杀菌时间短，效果好，如河北衡水师专魏淑珍等试验微波炉对原种培养基，处理10分钟，袋中无出现污染，而用常规高压消毒1.2千克压力、处理90分钟、微波炉的功率1200瓦，高压锅功率2000瓦，微波炉时间节省80％，高效，节能。

微波消毒主要有以下问题：①微波炉消毒必须在有水的情况下，效果较好，否则培养基将会变得干燥失水；②微波炉功率大小，放置培养基的距离与灭菌效果差异较大，所以会出现灭菌不均匀，效果不一等情况；③另外，微波炉体积较小处理不方便，食用菌生产中的微波灭菌技术，一般用传送带灭菌，这样要确定传送速度，料的厚度，宽度十分困难，我们也曾做过试验，效果很不理想。