在菌棒出现污染的时候，正规的做法应丢弃不用，千万不能与好的培养料混装后，消毒再用。但有时出现污染面较大，损失严重，回锅再蒸的做法也是有的，但应注意以下几点。

（1）当出现大量、重复污染时，应首先检查消毒灭菌锅设计是否合理、保温是否良好、锅内料袋堆集是否过于紧密等，这些常常是造成菌棒大量污染的原因，当然还有接种和菌种的原因要逐一检查。

（2）出现少量污染，经济损失不严重时，应选择丢弃，防止对其他好的菌棒造成不良影响。

（3）如果污染比较严重，可以把污染的菌棒在偏远处折袋，适当堆集好再发酵，调节pH后，再次装袋消毒灭菌。而不能简单地直接蒸1次，这样会影响产量和成品率。