目前国内农户生产菌种大多无恒温空气过滤系统，因此母种扩繁母种、母种扩繁原种的操作过程一般在接种箱中进行。由于从母种扩繁到栽培种的扩繁系数高达200多倍，从原种扩繁到栽培种的扩繁系数也有50多倍，因此即使只有一支试管母种或一瓶原种染杂菌没检出，也会导致大批栽培种染杂，所以在母种和原种的扩繁过程中，一定要严格消毒灭菌。目前在接种箱内消毒灭菌，效果较好的方法是50％甲醛加高锰酸钾烟雾消毒法，即按接种箱每立方米的空间取5克高锰酸钾，放在一容器中，在接种前放入接种箱，然后注入10毫升50％的甲醛，立即关闭箱门，几秒钟后，在高锰酸钾的作用下，甲醛溶液即开始沸腾挥发，待雾气散尽后10～15分钟就可接种。接种时不要开电扇、门窗，减少室内空气流通，防止室内空气中的杂菌孢子进入箱内。接种操作要在火焰上方进行，以确保无菌环境。在生产较大数量的栽培种时，由于接种箱内接种工序繁琐，费时费工，且甲醛的刺激味浓，所以不少人在室内采用气雾消毒剂消毒灭菌，进行开放式接种。

使用接种箱接种还应注意接种箱的保养和维护，接种箱要密封不漏气，平时要保持干燥，工作完毕后要及时清除箱内废弃物，用1％～2％来苏尔擦洗内壁和用具，再用5％石炭酸全面喷雾后关闭，箱口或套袖要定期清洗和更换。