要了解双孢蘑菇的制种技术，首先要明确什么叫菌种。食用菌的菌丝体生长在适当的培养基中，而用于栽培的产生食用菌子实体的叫菌种。所谓菌种，包括两个方面的内容：菌丝体和菌丝体生长的培养基（料）。

蘑菇菌种制作的流程：母种→原种→栽培种。母种是食用菌类的孢子或组织（包括子实体、菌索和菌核）在琼脂培养基上萌发、分离提纯后得到的菌丝体。母种常用的培养基是马铃薯、葡萄糖、琼脂培养基（简称PDA培养基），一般蘑菇制种常用的方法是用多孢挑单菌落的方法，来取得母种的菌丝体，而不是用组织分离的方法。一般生产上的用种都应该到科研单位、大专院校，或有制种能力的单位买回经过出菇试验的母种试管，买回后只能扩管1次。扩管的次数太多会发生变异，影响菌种的质量。一支母种试管能扩30～50支母种（一级种）。原种（二级种）是将母种菌丝体（连同培养基）扩大到瓶装培养基上培育而成。在相同的培养基上再扩大1次，称为栽培种（三级种），一般一支母种（一级种）能扩3～4瓶原种（二级种），一瓶原种能扩50瓶栽培种（三级种）。