以稻谷为主制成的菌种，因其养分较为丰富，如酸碱度调整不当，培养基呈酸性，加上在培养管理时，受到高温的影响（30℃以上），就容易遭细菌或酵母菌等的污染，使菌种的味道变酸。另外，也有可能稻谷水浸预处理后，未及时装瓶及高温灭菌，造成酸败。解决的方法有以下3种。
（1）在稻谷预处理时应该用石灰水浸种，调整好稻谷培养基的酸碱度，在高温灭菌前pH在10以上，灭菌后pH在7.5～8。
（2）存放菌种的培养室温度掌握在22～25℃，并注意通风换气。
（3）稻谷预处理后，注意随装瓶，随灭菌，随冷却，随接种，要环环紧扣。
