以原种代替栽培种，由于少了1次三级菌种的转接步骤，原种的质量会比栽培种好一些，活力会强一点，因此，发菌也会快一点，但从成本上来说是不合算的。
因为，食用菌的制种过程一般分为三级，即一级种（母种）——二级种（原种）——三级种（栽培种）。这三个过程是菌种不断扩大的过程，也是让菌丝对各种秸秆或木质纤维类物质不断适应的过程，并在这个过程中产生相应的酶类的过程。生产上一级种（母种）一般每支试管可接3～5瓶原种；二级种（原种）每瓶可接60～100瓶栽培种；三级种（栽培种）每瓶菌种可拌入2.5千克料，如果50千克料约需栽培种20瓶。根据以上情况推算，以原种直接代替栽培种，由于菌种繁殖系数太低，成本大大地提高了。
