菌种分为三级的原因：一是为了生产的需要，逐级扩大繁殖，二也是为了保持菌种的纯度，防止过多繁殖造成菌种种性的退化和纯度的下降。二级种和三级种的纯度要求是不同的，二级种一般需要高压灭菌；三级种在有条件的地方应采用高压灭菌，但没有条件的也可以采用常压灭菌，一般菌种袋略小于栽培袋，控制杂菌不如二级种严格。因此，三级种不能作二级种；但有时在生产过程中，遇到菌种不够时，会用生长良好的菌包代替栽培种，再转接1次，但需要对作为栽培种的菌包进行精心挑选。越级用种，最好不要采用。