黑木耳的菌种在4℃冰箱中只能保存3～6个月就要转管，在转管的过程中易变异，所以必须不断地组织分离，不断地出菇转管。一般做法是，第一年的组织分离的菌种很好，在生产上应用，第二年组织分离菌种与第一年保存菌种在相同环境条件下做出菇试验，如第二年的超过第一年的，用第二年的。如果这一年均不理想，还是第一年的好，则用第一年的，这样周而复始，小心认真地分离出菇试验生产用种。自己做的菌种只能自己使用，如要出售，则要按照农业部门要求的有“三证”，即生产许可证、质量合格证和经营许可证。