西瓜枯萎病是一种土传病害。病菌在土壤中和未腐熟的带菌肥料中越冬，在离开寄主的情况下，能存活5～6年，部分病菌可存活10年以上。病害发生与温、湿度关系密切。病菌生长温度为5～35℃，萌发和生长的适宜温度为24～30℃。发病程度的轻重取决于土壤中侵染的菌量，一般在连茬种植、地下害虫多、管理粗放、土壤黏重潮湿等条件下病害发生严重。
目前，上海郊区预防西瓜枯萎病主要有2种方法。
（1）种瓜时选择5年内未种过瓜类等葫芦科作物的田块，尤其以水稻田为好，可减少土壤中的病菌基数，降低枯萎病的发生风险。
（2）通过嫁接栽培的方法来防止枯萎病的发生。西瓜嫁接栽培常用的砧木有瓠瓜、葫芦等，这两种类型的砧木与西瓜嫁接亲和性比较好，嫁接成活率高。
