君子兰苗期和成株均会发生烂根而导致全株死亡。如植株全株发黄，叶片出现水渍状斑痕或长出黄斑、生长萎蔫或植株停滞不长，均说明根部可能出现腐烂，需及时破土观察根部。如发现烂根，应及时倒盆，把植株取出，将腐烂部位剪除并用清水冲洗干净后浸入高锰酸钾500倍液内消毒数小时，放在阴凉处吹干伤口后再栽于已经消毒的河沙中养根（河沙应用清水冲洗过），放在半阴处，在温度20℃左右时，20～25天开始生出新根。
如果根已全部烂掉，可将烂根部清除后，用清水洗净伤口，再用2％～4％硼酸钠水溶液浸泡4小时，取出晾干后，栽入河沙中（沙的处理同前）。如果用25毫克/升或50毫克/升的萘乙酸进行处理，可以促使君子兰生根。
