自然界的微生物种类繁多，几乎无处不在。人为将动物微生物生态空间的层次分为总微生态系、大微生态系、微生态系、微群落和微种群五个层次。而微生物常以种群形式出现，极少单独存在，各种不同的微生物种群与周围环境共同形成微生态系统，这是生物长期进化的结果。如我们能从鸡粪中了解到有益菌群包括类杆菌、乳杆菌、消化肠球菌、双歧杆菌、链球菌、肠杆菌、乳酸杆菌、葡萄球菌、大肠杆菌、棒状杆菌、芽孢杆菌和酵母菌等，并能测出菌数及菌数比。这个微生态系统是各种微生物个体间或种群间发生各种正性相互关系或负性相互关系，即中立、栖生、互生、助生、竞争、偏生、寄生、吞噬的结果，也是研制多个菌种组合的理论基础。

人工组合多个菌制成发酵剂时，要通过实验了解多个菌之间的静态关系、动态关系。如菌种间的中立关系，是指两种或两种以上微生物处于同一环境时不发生任何相互影响，常见于对于营养要求根本不同的微生物或生长密度很低或处于静止期的微生物。但这一关系并非一成不变，一旦微生物生长，相互关系即会从中立转为竞争或其他关系。

两个菌间有N个条件变化，那么人工组合时就需要做至少N次实验，加上各种微生物个体间或种群间发生正性相互关系或负性相互关系，所以要完成几十个菌种组合的发酵制剂，其难度非常之大，投入的人力、物力、财力能否达到预期的效果也是未知数。正如传统的酿造食品，几乎都是自然形成的发酵制剂，虽然其发酵过程需要很长的时间和不同微生物的相继代谢来完成，但这些相互作用微生物会表现出某些与其在纯培养状态下明显不同的特征，而需要搞清这种复杂的关系是相当困难的。所以酿造业一般不采用人工组合菌剂。只有在某一具有一定营养及其他理化条件下的小生态环境内，尽管多种不同微生物都可以侵入，但在最终形成的群落中，只有部分微生物能成为群落的稳定成员。

畜禽微生态制剂是根据系统工程的概念，按畜禽需求有目的地筛选有益菌组成制剂组合，如针对控制畜禽因大肠杆菌等致病性细菌引起的腹泻，选用嗜酸乳杆菌等有益菌株为主导微生态制剂菌株，同时选用与主导菌有互住、共生或偏生的，而又能对大肠杆菌等有抑制作用或有协同作用的菌组成多个菌种的发酵制剂，如酪酸菌能与双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪链球菌共生，酪酸菌代谢分泌物能促进后三者的增殖，四菌都是有益菌，皆能抑制大肠杆菌等有害菌。这种菌组合的发酵制剂多能连续传代，菌群比相对稳定，效果稳定，研制成本低。