消毒的目的是为了消灭病原体。消毒的时候，应根据不同病原体的弱点，采取不同的消毒药物和消毒方法。

对于芽孢菌，由于它抵抗能力很强，应选用漂白粉液、碘制剂或氯仿制剂的消毒药。病毒对碱性消毒液敏感，病毒传染病应用碱性消毒液消毒。冬季气候寒冷，液体消毒剂容易被冻结，失去消毒作用，可改用漂白粉、生石灰等。现在新的消毒药不断推出，应根据情况选用。消毒应有足够的剂量，才能达到消毒的目的。还应按科学程序实施消毒。首先要关闭门窗，用消毒液喷洒地面前应先进行清扫，然后再用消毒液将天棚、墙壁、地面、栏舍均匀喷洒，最后隔1小时喷洒1～2次，然后打开门窗，用清水清洗饲槽，除去药味。

平时应建立定期消毒制度，畜禽栏舍每月应进行1次大扫除、大消毒、母畜临产前的产房要彻底清扫消毒。全进全出的畜禽舍，当每批畜禽卖出后要彻底清扫、消毒并空舍1周再进畜禽。畜禽粪便要堆积发酵。

发生传染病时，病畜禽的分泌物、排泄物、血液及其被污染的土壤、场地、栏舍、用具等要彻底清扫后消毒，饲养员的衣服、鞋帽也要彻底消毒，所清扫的污物、垃圾应深埋或烧毁，消毒药可用10％～20％石灰乳（现配现用，不能放置过久）、2％的烧碱溶液、0.5％过乙酸溶液、3％福尔马林溶液、1/300菌毒灭溶液、1/200消毒灵等。