衣原体是一类专性细胞内寄生、有独特发育周期的、介于细菌和病毒之间的革兰染色阴性的微生物。衣原体病在全世界流行，能引起人和动物的眼、肺、生殖系统、关节和肠道疾病，大多数情况下主要引起一些持续的慢性或亚临床感染。由于衣原体科感染人畜的种较多，不同种感染的症状有较大差异，感染羊只通常情况下没有明显的临诊症状。但根据流行病学调查，主要有3种临诊表现。

（1）母羊流产。当母羊怀孕2～3周后可发生流产，大多数流产于妊娠的最后一个月。初次感染时流产率可高达全群的1/3。一旦变成地方性流行，每年流产1％～5％。但流产通常发生于年轻母羊，开始感染后1～2天出现发热，但流产前无明显感染症状。大部分胎儿胎衣同时排出，少部分胎衣不下，流产时流出黄白色糊状脓性排泄物，持续1周左右，大羊很快消瘦，罕见死亡。其中一部分羊在怀孕后期流产，则会产生死羔和弱羔（羔羊一般不会存活），同时排出大量黄白色糊状排泄物，个别羊出现难产，母羊有肚痛和怪叫声。该病主要由流产嗜衣原体引起，是造成羊传染性流产的最普遍的原因之一，通常称为羊地方性流产，国外称为羊衣原体病。

（2）羔羊关节炎。羔羊发病率高，但死亡率低，本病以发热、强直、跛行、厌食和结膜炎为特征，关节肿大一般不明显，偶有脑炎等。

（3）呼吸系统疾病。近来不少地方反映肉羊发生呼吸困难，流鼻涕并有脓样分泌物等症状，并有部分病羊因窒息而死亡。病原分离显示与衣原体有关。也有可能是混合感染或应激等诱发衣原体暴发。因为家畜嗜衣原体也常在健康绵羊的肠道内被分离到。

此外，衣原体也威胁人类健康，可出现轻微流感样症状、衣原体脑炎、结膜炎、肺炎等，如发生败血症，进而会导致怀孕妇女流产或产下死胎，因而要注意防护。

羊群可用药物防治：四环素，每千克体重15毫克，混入饲料或口服，连用5～7天；甲砜霉素，每千克体重5毫克，混入饲料或口服，连用3天；红霉素，每千克体重5毫克，混入饲料或口服，连用3～5天；磺胺嘧啶，每千克体重15毫克，混入饲料，连用5天；土霉素，每千克体重10毫克，混入饲料，连用5～7天。