粪尿携带病毒、细菌和寄生虫是人所共知的事，因为有些病原体可以存在于健康的或生病的动物机体内。这些病原体在机体内繁殖后，通过粪尿排出体外，并在粪尿中生存，如鸡新城疫病毒在鸡粪中可存活16～71天，在鸡舍中感染力为7天。大肠杆菌在粪便中存活200天。此外，还有沙门菌、球虫等均可通过粪尿传播。虽然疾病的传播途径有多种，但“粪—口”传播是最常见的途径。病原体在适合的条件下或接触到易感动物后，会侵袭易感动物。现在的高密度、平地饲养，由于鸡长期与粪便直接接触，可随啄食带病原体的粪便污染的饲料、垫料、饮水等，给疾病传播创造条件，导致禽流感、大肠杆菌病、沙门菌病、球虫病等发病率居高不下。采用笼养，鸡粪可以通过网格间隙落下，减少了鸡与鸡粪的直接接触，切断了“粪—口”传播途径，将大大降低鸡的此类疾病的发生率。

国内外的研究和生产实践资料表明，笼养鸡大肠杆菌、球虫病等病原微生物比地面平养降低50％以上，大肠杆菌病发生率也降低50％，球虫病发病率几乎为零，对禽流感也有一定预防作用，但对沙门菌病的预防效果仍有不同结果。

笼养鸡还需注意几个问题：要及时对网上粪便进行清除和消毒；注意饲养密度；要控制好笼养时上、中、下层笼的温度与湿度，如果不均匀会引起雏鸡拉稀。