麦类黑穗病在小麦和大麦上都有发生。小麦上发生的是散黑穗病和腥黑穗病。散黑穗病的黑粉容易散落，到后来只剩穗轴；腥黑穗病的包膜不易破裂，压散后有鱼腥味。大麦上主要发生的是坚黑穗病，黑粉外的包膜更不易破裂，压散后没有鱼腥味。我们见到的黑粉是病菌的传播源——厚垣孢子，它们附着在健康的麦粒上过夏，秋季大、小麦播种后抽生菌丝侵入麦胚，形成系统侵染。往往是同一粒麦种形成的麦穗会全部得病变为黑穗。等见到黑穗后再施药防治，已经完全没有作用了。即使是在麦类生长期用药也基本不起作用。这主要是由于黑穗病菌集中在麦心（生长锥）上繁殖，麦叶上不表现症状，既看不到它，农药又喷不到它。

防治麦类黑穗病的最有效办法是麦种消毒杀菌处理。处理的办法很多，可根据条件任选一种。如冷浸热晒法：大伏天选晴好天气的清早，将麦种用冷水浸足5个小时，尔后摊薄晒干。如药剂拌种：按50千克麦种和2％立克锈干拌种剂75克的比例拌匀，即可播种。至于浸种处理的办法更多，如多菌灵浸种和“402”浸种等。传统的石灰水浸种，不但效果良好，还能兼治大麦条纹病。