如果劈开病株茎秆，能看到褐色的条纹就能确诊是枯萎病了。枯萎病是一种重要的土传病害，病菌在土壤中能存活十多年。根部的伤口是病菌的主要侵入点。入侵病菌在维管束内大量繁殖，阻塞了水分的上升，造成植株枯萎病亡。病菌也能在棉种内存活十个多月。

如已发病需采取应急措施，防止病害扩散和病情加重。在下列农药中任选一种作浇根处理：50％多菌灵1000倍液、2.5％适乐时2000倍液、75％敌克松1000倍液，每株浇100～200毫升，以后每隔一星期浇1次，连浇3次。

防治枯萎病的根本办法是实施植物检疫，坚决不从外地引种带病棉籽。已经发生棉花枯萎病地区，使用的棉种最好经过硫酸脱绒处理（1千克粗硫酸约可拌10千克棉种），脱绒的棉种需清洗后随用或晾干后备用。发病棉田改种1～2熟水稻可基本杀灭病菌。当零星出现病株时应及时拔除烧毁，病土用50％棉隆135克加水45千克浇灌或者用37.2％斯美地（威百苗）200倍液浇灌。

发生枯萎病的土地，第二年不能再种棉花，最好改种一熟水稻。